產生污染的原因主要有農業污染源、生活污染源、工業污染源等。伴隨著工業點源污染治理力度的加大，農業非點源污染已成為土壤污染的重要來源。

由于土壤污染具有潛伏性、不可逆性、長期性、后果嚴重等特點，土壤環境保護必須遵循“預防為主、防治結合、綜合治理”的基本原則。關于農業非點源污染問題，要在建立和完善土壤污染防治法律法規和標準體系，加強土壤環境監管能力建設的同時，加強農業污染源的控制，從源頭上做到土壤污染治理。強化農產品源頭監管，依法監督檢查農藥、種子、化肥等投入，確保農業生產資料的安全使用。

推進農田污染防治和農產品質量安全新技術的推廣。各地要結合實際，大力推廣各種新技術，發展生態農業，才能有效地防治土壤污染，提高農產品質量。將種植業與林業、畜牧業、漁業及相關加工業有機結合起來，建立一套生態合理、功能良性循環、能耗低的綜合農業體系，走循環經濟之路。

強化灌區污水處理工作。農業生產區污水回灌是近年來農業生產地區水資源有效利用的形式，但處理工藝過低，會給土壤環境帶來隱患。當前，需要進一步加強工業“三廢”治理，提高污水處理技術工藝水平，真正把污水資源利用做到極致。可通過改變農田環境，減少農田污染，如：人工設置合適的濕地、沙層過濾帶、緩沖帶等，可有效減少農田表面污染物。

進行土壤污染生態修復。以物理、化學、生物等修復技術為主。目前，研究中除“客土法”外，多采用生物修復方法，如種植蜈蚣草、竹柳、東南景天等具有超富集作用的植物，或引入蚯蚓等進行修復。考慮到經濟投入、修復周期、避免二次污染等多種因素，生物修復技術是當前最佳選擇。